การดำเนินการวัดคุณลักษณะอันพึงประสงค์ของสถานศึกษาจะบรรลุผลได้นั้นจะต้องอาศัยการบริหารจัดการและการมีส่วนร่วมจากทุกฝ่ายดำเนินการพัฒนาทั้งในและนอกห้องเรียน โดยมอบหมายภารกิจในการพัฒนาและประเมินคุณลักษณะอันพึงประสงค์ในห้องเรียน ให้ครูผู้สอน แต่ละกลุ่มสาระการเรียนรู้เป็นผู้รับผิดชอบโดยสอดแทรกการพัฒนาคุณลักษณะอันพึงประสงค์ ในชั่วโมงการเรียนการสอน/กิจกรรมโครงการ หรือในโอกาสอื่น ๆ ซึ่งมีแนวทางการดำเนินการหลายรูปแบบ สถานศึกษาสามารถเลือกนำไปใช้ได้ตามความเหมาะสม
รูปแบบที่ ๑ เป็นรูปแบบที่เหมาะสำหรับสถานศึกษาที่มีความพร้อมในด้านทรัพยากรต่าง ๆ ค่อนข้างสูงถึงสูงมาก และเหมาะสำหรับสถานศึกษาที่ต้องการเน้นด้านการพัฒนาผู้เรียนให้มีคุณลักษณะอันพึงประสงค์สู่ความเป็นเลิศ โดยมีนโยบายที่จะให้บุคลากรและครูทุกคนได้มีส่วนร่วมในการพัฒนานักเรียนให้มีคุณลักษณะอันพึงประสงค์ทุกข้อตามที่สถานศึกษากำหนดโดยจะมีคณะกรรมการพัฒนาและประเมินคุณลักษณะอันพึงประสงค์ของสถานศึกษา เป็นองค์คณะบุคคลในสถานศึกษาที่คอยช่วยเหลือคณะครู ในกรณีที่พบว่านักเรียนบางคนมีปัญหาที่ซับซ้อนและ ไม่สามารถจะพัฒนาด้วยกระบวนการธรรมดได้ มีความจำเป็นต้องทำกรณีศึกษา คณะกรรมการชุดนี้จะทำงานร่วมกับครูประจำชั้น หรือครูที่ปรึกษา หรือครูคนอื่นที่สนใจจะทำกรณีศึกษาร่วมกัน นอกจากนี้อาจนำสภานักเรียนเข้ามามีส่วนร่วมในการพัฒนาคุณลักษณะอันพึงประสงค์ด้วย โดยสถานศึกษารับฟังความคิดเห็นของสภานักเรียน ถึงวิธีการที่เหมาะสมกับวัยของผู้เรียน ด้วยกิจกรรมเสริม ซึ่งจะเน้นการพัฒนาและตรวจสอบคุณลักษณะอันพึงประสงค์ทุกประการตลอดเวลา ทั้งนี้สถานศึกษาอาจมีเป้าหมายว่า นักเรียนร้อยละ ๙๐ ขึ้นไปจะต้องมีคุณลักษณะอันพึงประสงค์อยู่ในระดับ “ดี” เป็นอย่างน้อย การประเมินรูปแบบนี้ดำเนินการดังนี้
๑. คณะกรรมการพัฒนาและประเมินคุณลักษณะอันพึงประสงค์ของสถานศึกษาทำความเข้าใจกับคณะครูผู้สอนทุกกลุ่มสาระการเรียนรู้/รายวิชา ครูที่ปรึกษา ครูผู้ดูแลกิจกรรมพัฒนาผู้เรียน ร่วมกันพัฒนาคุณลักษณะอันพึงประสงค์ของผู้เรียนทุกคุณลักษณะและร่วมกำหนดตัวชี้วัดหรือพฤติกรรมบ่งชี้หรือพฤติกรรมที่แสดงออกของแต่ละคุณลักษณะตามที่คณะกรรมการพัฒนาและประเมินคุณลักษณะอันพึงประสงค์ของสถานศึกษาเพิ่มเติมให้เหมาะสมกับธรรมชาติของวัย
๒. กำหนดวิธีการประเมิน เกณฑ์และเครื่องมือ คำอธิบายคุณลักษณะที่สถานศึกษาเพิ่มเติม ให้สอดคล้องกับเกณฑ์การประเมินที่หลักสูตรแกนกลางกำหนด
๓. กำหนดระดับของพฤติกรรมที่บ่งชี้ว่า พฤติกรรมนักเรียนอยู่ในระดับ “เสี่ยง” กล่าวคือ การพัฒนาคุณลักษณะอันพึงประสงค์ของผู้เรียนด้วยวิธีปกติอาจจะไม่สามารถทำให้ผู้เรียนบรรลุตามเกณฑ์ได้มีความจำเป็นที่ครูที่ปรึกษา หรือครูผู้สอนร่วมกับคณะกรรมการพัฒนาและประเมินคุณลักษณะอันประสงค์ของสถานศึกษาต้องใช้กระบวนการอื่นเข้ามาช่วยในการแก้ปัญหาโดยทำกรณีศึกษา
๔. เมื่อสิ้นภาคเรียน/สิ้นปี ครูผู้สอนส่งผลการประเมินคุณลักษณะอันพึงประสงค์ของนักเรียนทุกคนที่รับผิดชอบให้คณะกรรมการของสถานศึกษา ซึ่งมีครูวัดผลเป็นเลขานุการ
๕. ครูวัดผลดำเนินการประมวลผลตามเกณฑ์ที่สถานศึกษากำหนด
๔. นำเสนอผู้บริหารสถานศึกษาเพื่อพิจารณาอนุมัติ